云南地方水稻品种抗稻瘟病基因Pita功能区段序列变异分析

doi:10.16819/j.1001-7216.2016.5188

中国水稻科学 ›› 2016, Vol. 30 ›› Issue (3): 265-272.DOI: 10.16819/j.1001-7216.2016.5188

云南地方水稻品种抗稻瘟病基因Pita功能区段序列变异分析

马继琼, 杨奕, 孙一丁, 王炎炎, 许明辉^*()

云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所/云南省农业生物技术重点实验室/农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室, 昆明 650223;

收稿日期:2015-12-22 修回日期:2016-01-08 出版日期:2016-05-10 发布日期:2016-05-10
通讯作者: 许明辉
作者简介:
# 共同第一作者;
基金资助:
国家基础研究计划资助项目(2012FY110200);国家自然科学基金资助项目(31360331)

Sequence Variation of Functional Fragment in Pita Gene for Rice Blast Resistance in Yunnan Rice Landraces

Ji-qiong MA, Yi YANG, Yi-ding SUN, Yan-yan WANG, Ming-hui XU^*()

Institute of Biotechnology and Genetic Resources, YAAS, Key Laboratory of Biotechnology Research of Yunnan Province/Key Laboratory of Southwestern Crop Gene Resources and Germplasm Innovation of Ministry of Agriculture, Kunming 650223, China;

Received:2015-12-22 Revised:2016-01-08 Online:2016-05-10 Published:2016-05-10
Contact: Ming-hui XU
About author:
# These authors contributed equally to this work;

摘要/Abstract

摘要：

稻瘟病抗性基因序列变异的分析与认识是挖掘水稻抗稻瘟病基因资源的基础。对来源于云南省56个县(市)的218份地方稻品种稻瘟病抗性基因Pita第二编码区功能位点区段的609个碱基进行了测序分析。结果表明,所有供试品种在此序列上有18个变异位点,存在46种DNA单倍型和28种蛋白类型,其中DNA单倍型Pita-H1、Pita-H2、 Pita-H6频率较高,三者比例分别为17.89%、29.82%、20.18%,合计67.89%,是云南的优势单倍型,而其他单倍型频率较低,频率0.46%~3.67%。携带Pita抗性基因(编码区第2752位功能位点碱基为G)的品种共61个,占供试材料的27.98%,其中39个品种(占63.93%)与越南抗性品种Tetep序列一致。Pita抗性基因在水稻各亚种和生态型中的分布是不平衡的,籼稻中的频率为35.06%,粳稻中为24.11%,水稻中31.03%,陆稻中21.92%,黏稻中30.77%,糯稻中18.37%。Pita抗性基因在云南省广泛分布,36县(市)检测到了Pita抗性基因,但南部地区频率高于其他地区,且有的县频率较高,呈小集中的特点,海拔2200m以上的7个品种未能检测到Pita抗性基因。

关键词: 稻, 云南, 稻瘟病, Pita

Abstract:

Identification and analysis of the variations of rice blast resistance gene sequence is the basis to dig into the genetic resources of the rice blast resistance. In this paper, 609 bases in the second code functional region of the rice blast resistance gene Pita were analyzed using 218 rice landraces from 56 counties of Yunnan Province. A total of 18 nucleotide variations were found in the sequence and the ORFs of 218 rice accessions were grouped into 46 haplotypes and 28 proteins types. Pita-H1 (17.89%), Pita-H2(29.82%) and Pita-H6(20.18%) were high-frequency types in Yunnan, while other types were at low frequency (0.46%-3.67%). So the advantage haplotypes in Yunnan were Pita-H1, Pita-H2 and Pita-H6 (totally 67.89%). A total of 61 rice landraces carrying the resistance gene Pita, the base functional site 2752 was G with the rate of 27.98%. The sequence of Pita in 39 resistance varieties was identical with the sequence obtained from the Vietnamese resistance variety Tetep. The distribution of resistance gene Pita in rice subspecies or ecotypes was unbalanced. The distribution frequency of indica was 35.06%, japonica 24.11%, rice 31.03%, upland rice 21.92%, no-glutinous rice 30.77%, glutinous rice 18.37%. The distribution of blast resistance gene Pita in Yunnan Province featured wide distribution and small concentration. Pita gene was detected in 36 counties of Yunnan Province. The distribution frequency in southern Yunnan was higher than other area. Moreover, some counties were of high distribution frequency. The resistance gene Pita was not detected in seven rice varieties growing over 2200 m elevation.

Key words: rice, Yunnan, blast, Pita

中图分类号:

马继琼, 杨奕, 孙一丁, 王炎炎, 许明辉. 云南地方水稻品种抗稻瘟病基因Pita功能区段序列变异分析[J]. 中国水稻科学, 2016, 30(3): 265-272.

Ji-qiong MA, Yi YANG, Yi-ding SUN, Yan-yan WANG, Ming-hui XU. Sequence Variation of Functional Fragment in Pita Gene for Rice Blast Resistance in Yunnan Rice Landraces[J]. Chinese Journal OF Rice Science, 2016, 30(3): 265-272.

图/表 6

参考文献 22

[1]	Huang E, Hwang S, Chiang Y, Lin T.Molecular evolution of the Pi-ta gene resistant to rice blast in wild rice (Oryza rufipogon).Genetics, 2008, 179: 1527-1538.
[2]	Jia Y, Martin R.Identification of a new locus Ptr(t) required for rice blast resistance gene Pi-ta-mediated resistance.Mol Plant Microbe Interact, 2008, 21: 396-403.
[3]	Lee S, Costanzo S, Jia Y, Olsen K M, et al.Evolutionary dynamics of the genomic region around the blast resistance gene Pi-ta in AA genome Oryza species.Genetics, 2009, 183: 1315-1325.
[4]	Wang X, Jia Y, Shu Q Y, et al.Haplotype diversity at the Pi-ta locus in cultivated rice and its wild relatives.Phytopathology, 2008, 98: 1305-1311.
[5]	时克, 雷财林, 程治军, 等. 稻瘟病抗性基因Pita和Pib在我国水稻主栽品种中的分布. 植物遗传资源学报, 2009, 10(1): 21-26.
	Shi K, Lei C L, Cheng Z J, et al.Distribution of two blast resistance genes Pita and Pib in major rice cultivars in China.J Plant Genetic Resour, 2009, 10(1): 21-26.(in Chinese with English abstract)
[6]	Moldenhauer K A K, Lee F N, Gibbons J W, et al. Registration of ‘Ahrent’ rice.Crop Sci, 2007, 47: 446-447.
[7]	Rybka K, Miyamoto M, Ando I, et al.High resolution mapping of indica-derived rice blast resistance genes Pi-ta2 and pi-ta and a consideration of their origin.Mol Plant Microbe-Interact, 1997, 10: 517-524.
[8]	李进斌, 李成云, 陈艳, 等. 二十二个抗稻瘟病基因在云南的利用价值评价. 植物保护学报, 2005, 32(2): 113-119.
	Lin J B, Li C Y, Chen Y, et al.Evaluation of twenty-two blast resistance genes inYunnan using monogenetic rice lines.Acta Phytophyl Sin, 2005, 32(2): 113-119. (in Chinese with English abstract)
[9]	Jia Y, Wang Z, Singh P.Development of dominant rice blast Pi-ta resistance gene markers.Crop Sci, 2002, 42: 2145-2149.
[10]	Jia Y, Wang Z, Robert G.Rice Pi-ta gene confers resistance to the major pathotypes of the rice blast fungus in the United States.Phytopathology, 2004, 94: 296-301.
[11]	杨杰, 杨金欢, 王军, 等. 稻瘟病抗病基因Pita和Pib在中国水稻地方品种中的分布. 华北农学报, 2011, 26(3): 1-6.
	Yang J, Yang J H, Wang J, et al.Distribution of two blast resistant genes Pita and Pib in landrace rice in China.Acta Agric Boreali-Sin, 2011, 26(3): 1-6.(in Chinese with English abstract)
[12]	Bryan G T, Wu K S, Farrall L, et al.A single amino acid difference distinguishes resistant and susceptible alleles of the rice blast resistance gene Pi-ta.Plant Cell, 2000, 12(11): 2033-2046.
[13]	Thakur S, Gupta Y K, Singh P K, et al.Molecular diversity in rice blast resistance gene Pi-ta makes it highly effective against dynamic population of Magnaporthe oryzae.Funct Integr Genom, 2013, 13: 309-322.
[14]	黄燕红,孙新立,王象坤. 中国栽培稻遗传多样性中心和起源研究. 植物遗传资源学报, 2005, 6(2): 125-129.
	Huang Y H, Sun X L, Wang X K.Study on the center of genetic diversity and its origin of cultivated rice in China.J Plant Genetic Resour, 2005, 6(2): 125-129.(in Chinese with English abstract)
[15]	赵国珍, 蒋春苗, 刘吉新, 等. 云南野生稻抗稻瘟病Pi-ta基因的检测及分析. 中国水稻科学, 2014, 28(6): 675-680.
	Zhao G Z, Jiang C M, Liu J X, et al.Identification and analysis on the rice blast resistance gene Pi-ta in wild rice from Yunnan, China.Chin J Rice Sci, 2014, 28(6): 675-680.(in Chinese with English abstract)
[16]	李进斌, 王甜, 许明辉. 云南地方稻种抗稻瘟病基因Pi-ta和Pib的鉴定. 中国水稻科学, 2012, 26(5): 593-599.
	Li J B, Wang T, Xu M H.Identification of Pita and Pi-b genes for rice blast resistance of rice landraces from Yunnan Province.Chin J Rice Sci, 2012, 26(5): 593-599.(in Chinese with English abstract)
[17]	Doyle J J, Doyle J L.Isolation of plant DNA from fresh tissue.Focus, 1990, 12(1): 13-15.
[18]	Wang X, FjeIlsrom R, Jia Y, et al. Characterization of Pita blast resistance gene in an international rice core collection.Plant Breeding, 2010(129): 491-501.
[19]	Huang C L, Hwang S Y, Chiang Y C, et al.Molecular evolution of the Pi-ta gene resistant to rice blast in wild rice (Oryza rufipogon).Genetics, 2008, 179(3): 1527-1538.
[20]	Rausher M D.Co-evolution and plant resistance to natural enemies.Nature, 2001, 41: 857-864.
[21]	Li J B, Yang J, Liu L, He H M, He X H, Zhu Y Y, Li C Y.Geographic distribution of avirulence genes in rice blast fungus in Yunnan Province, China.J Resour Ecol, 2011, 2(2): 181-185.
[22]	李进斌, 罗朝喜, 李成云, 等. 云南省近年稻瘟病菌生理小种的组成和分布. 植物保护, 2001, 27(2): 12-14.
	Li J B, Luo C X, Li C Y, et al.Race composition and distribution of Magnaporthe grisea Cavara in Yunnan Province in recent years.Plant Prot, 27(2): 12-14.(in Chinese with English abstract)

单倍型 Haplotype	品种数 No. of accessions	比例 Percentage /%	2184	2249	2283	2291	2354	2373	2388	2395	2402	2466	2477	2495	2575	2584	2715	2726	2752^*	2766
Tetep			T	T	A	C	C	G	A	C	T	T	C	C	C	G	C	C	G	A
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合计	218	100

单倍型 Haplotype	品种数 No. of accessions	比例 Percentage /%	2184	2249	2283	2291	2354	2373	2388	2395	2402	2466	2477	2495	2575	2584	2715	2726	2752^*	2766
Tetep			T	T	A	C	C	G	A	C	T	T	C	C	C	G	C	C	G	A
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合计	218	100

蛋白类型 Protein type	DNA单倍型 Haplotypes	750	761	764	785	791	801	826	832	859	862	905	909	918^*
	Tetep	L	R	A	T	M	F	S	T	L	D	S	S	A
	日本晴Nipponbare	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Pita-p1	Pita-H1, Pita-H4	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Pita-p2	Pita-H2, Pita-H5, Pita-H 6, Pita-H7, Pita-H10, Pita-H15, Pita-H26	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Pita-p3	Pita-H3	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	.
Pita-p4	Pita-H9	.	.	.	.	.	.	.	.	F	.	.	.	.
Pita-p5	Pita-H11, Pita-H16	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	S
Pita-p6	Pita-H8, Pita-H13	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	Y	.
Pita-p7	Pita-H12, Pita-H27, Pita-H32	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	.	S
Pita-p8	Pita-H17, Pita-H21, Pita-H24, Pita-H25, Pita-H33	.	.	.	.	.	.	.	.	F	.	.	.	S
Pita-p9	Pita-H18	.	.	.	.	.	.	.	.	F	.	.	Y	.
Pita-p10	Pita-H23	.	.	.	.	.	S	.	.	F	.	.	.	.
Pita-p11	Pita-H14	.	.	.	.	I	.	.	.	.	.	.	Y	.
Pita-p12	Pita-H19, Pita-H22	.	.	.	.	I	.	.	.	F	.	.	.	.
Pita-p13	Pita-H34	P	.	.	.	.	.	.	.	F	.	.	.	.
Pita-p14	Pita-H20	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	R	Y	S
Pita-p15	Pita-H30, Pita-H35	.	.	.	.	.	.	.	T	F	.	.	Y	S
Pita-p16	Pita-H28, Pita-H29	.	.	.	.	I	.	.	T	F	.	.	.	S
Pita-p17	Pita-H31	P	.	.	.	.	.	.	T	F	.	.	.	S
Pita-p18	Pita-H36	P	.	.	.	.	.	.	T	F	H	.	.	S
Pita-p19	Pita-H39	P	.	.	.	I	.	.	T	F	.	.	.	S
Pita-p20	Pita-H38	.	.	V	.	I	.	.	T	F	.	.	.	S
Pita-p21	Pita-H37	.	.	.	.	I	S	.	T	F	H	.	.	S
Pita-p22	Pita-H40	.	.	V	.	I	.	.	T	F	H	.	.	S
Pita-p23	Pita-H41	.	S	.	I	I	.	C	T	F	.	.	.	S
Pita-p24	Pita-H42	.	.	.	.	I	.	C	N	F	H	.	Y	.
Pita-p25	Pita-H43	P	.	.	.	I	.	C	N	F	.	R	Y	.
Pita-p26	Pita-H44	P	.	.	.	I	S	C	N	F	H	.	.	S
Pita-p27	Pita-H45	.	S	V	I	I	S	.	N	F	H	.	.	S
Pita-p28	Pita-H46	P	S	V	I	I	S	C	T	F	.	.	.	S

蛋白类型 Protein type	DNA单倍型 Haplotypes	750	761	764	785	791	801	826	832	859	862	905	909	918^*
	Tetep	L	R	A	T	M	F	S	T	L	D	S	S	A
	日本晴Nipponbare	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Pita-p1	Pita-H1, Pita-H4	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Pita-p2	Pita-H2, Pita-H5, Pita-H 6, Pita-H7, Pita-H10, Pita-H15, Pita-H26	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Pita-p3	Pita-H3	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	.
Pita-p4	Pita-H9	.	.	.	.	.	.	.	.	F	.	.	.	.
Pita-p5	Pita-H11, Pita-H16	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	S
Pita-p6	Pita-H8, Pita-H13	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	Y	.
Pita-p7	Pita-H12, Pita-H27, Pita-H32	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	.	S
Pita-p8	Pita-H17, Pita-H21, Pita-H24, Pita-H25, Pita-H33	.	.	.	.	.	.	.	.	F	.	.	.	S
Pita-p9	Pita-H18	.	.	.	.	.	.	.	.	F	.	.	Y	.
Pita-p10	Pita-H23	.	.	.	.	.	S	.	.	F	.	.	.	.
Pita-p11	Pita-H14	.	.	.	.	I	.	.	.	.	.	.	Y	.
Pita-p12	Pita-H19, Pita-H22	.	.	.	.	I	.	.	.	F	.	.	.	.
Pita-p13	Pita-H34	P	.	.	.	.	.	.	.	F	.	.	.	.
Pita-p14	Pita-H20	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	R	Y	S
Pita-p15	Pita-H30, Pita-H35	.	.	.	.	.	.	.	T	F	.	.	Y	S
Pita-p16	Pita-H28, Pita-H29	.	.	.	.	I	.	.	T	F	.	.	.	S
Pita-p17	Pita-H31	P	.	.	.	.	.	.	T	F	.	.	.	S
Pita-p18	Pita-H36	P	.	.	.	.	.	.	T	F	H	.	.	S
Pita-p19	Pita-H39	P	.	.	.	I	.	.	T	F	.	.	.	S
Pita-p20	Pita-H38	.	.	V	.	I	.	.	T	F	.	.	.	S
Pita-p21	Pita-H37	.	.	.	.	I	S	.	T	F	H	.	.	S
Pita-p22	Pita-H40	.	.	V	.	I	.	.	T	F	H	.	.	S
Pita-p23	Pita-H41	.	S	.	I	I	.	C	T	F	.	.	.	S
Pita-p24	Pita-H42	.	.	.	.	I	.	C	N	F	H	.	Y	.
Pita-p25	Pita-H43	P	.	.	.	I	.	C	N	F	.	R	Y	.
Pita-p26	Pita-H44	P	.	.	.	I	S	C	N	F	H	.	.	S
Pita-p27	Pita-H45	.	S	V	I	I	S	.	N	F	H	.	.	S
Pita-p28	Pita-H46	P	S	V	I	I	S	C	T	F	.	.	.	S

地点 Location	材料数 No. of accessions	抗性基因数 No. of resistance genes	频率 Frequency /%	地点 Location	材料数 No. of accessions	抗性基因数 No. of resistance genes	频率 Frequency /%
西双版纳州Xishuangbanna	21	8	38.10	保山市Baoshan	14	5	35.58
勐腊县 Mengla	2	0		腾冲县 Tengchong	7	2
勐海县 Menghai	11	2		昌宁县 Changning	2	1
景洪市Jinghong	8	3		龙陵县 Longling	2	1
普洱市Pu'er	52	17	32.69	隆阳区Longyang	3	1
孟连县 Menglian	9	3		玉溪市 Yuxi	13	3	23.08
澜沧县 Lancang	8	1		新平县 Xinping	8	2
西盟县 Ximeng	5	3		峨山县 Eshan	2	1
江城县 Jiangcheng	5	1		江川县 Jiangchuan	2	0
宁洱县 Ning’er	3	1		易门县 Yimen	1	0
墨江县 Mojiang	21	8		昆明市Kunming	2	1	50.00
景东县 Jingdong	1	0		富民县 Fumin	2	1
红河州 Honghe	16	6	37.50	曲靖市Qujing	3	1	33.33
金平县 Jinping	4	2		富源县 Fuyuan	1	0
屏边县 Pingbian	7	2		师宗县 Shizong	1	0
红河县 Honghe	1	1		麒麟区Qilin	1	1
开远市Kaiyuan	3	1		昭通市Zhaotong	13	4	30.77
弥勒县 Mile	1	0		巧家县 Qiaojia	1	0
文山州Wenshan	12	5	41.67	镇雄县 Zhenxiong	1	0
富宁县 Funing	1	0		彝良县 Yiliang	2	1
文山县 Wenshan	5	2		大关县 Daguan	3	0
广南县 Guangnan	6	3		盐津县 Yanjin	3	2
临沧市Lincang	36	6	16.67	威信县 Weixin	3	1
沧源县 Cangyuan	2	0		大理市Dali	3	1	33.33
双江县 Shuangjiang	2	1		大理市Dali	1	1
耿马县 Gengma	12	2		剑川县 Jianchuan	1	0
镇康县 Zhenkang	4	1		云龙县 Yunlong	1	0
临翔区Linxiang	1	0		丽江市 Lijiang	12	3	25.00
永德县 Yongde	10	1		永胜县 Yongsheng	3	3
云县 Yunxian	3	1		宁蒗县 Ninglang	3	0
凤庆县 Fengqing	2	0		玉龙县 Yulong	3	0
德宏州Dehong	20	4	20.00	华坪县 Huaping	3	0
瑞丽县 Ruili	6	1		迪庆州Diqing	1	0	0
芒市Mangshi	2	0		维西县 Weixi	1	0
陇川县 Longchuan	2	0		总计 Total	218	61	27.98
盈江县 Yingjiang	5	2
梁河县 Lianghe	5	1

云南地方水稻品种抗稻瘟病基因Pita功能区段序列变异分析

Sequence Variation of Functional Fragment in Pita Gene for Rice Blast Resistance in Yunnan Rice Landraces

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图/表 6

参考文献 22

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编辑推荐

Metrics

群体类型 Group type	材料数 No. of accessions	携带G样品数 No. of varieties carrying G locus	频率 Frequency/%
总体Total population	218	61	27.98
籼稻indica	77	27	35.06
粳稻japonica	141	34	24.11
水稻Rice	145	45	31.03
陆稻Upland rice	73	16	21.92
黏稻Non-glutinous rice	169	52	30.77
糯稻Glutinous rice	49	9	18.37

海拔 Elevation/m	材料数 No. of accessions	抗性基因数 No. of resistance genes	比例 Percentage /%
<800	20	6	30.0
801-1200	85	20	23.5
1201-1600	73	23	31.5
1601-2000	28	10	35.7
2001-2200	5	3	60.0
>2200	7	0	0.0

[1]	郭展, 张运波. 水稻对干旱胁迫的生理生化响应及分子调控研究进展[J]. 中国水稻科学, 2024, 38(4): 335-349.
[2]	韦还和, 马唯一, 左博源, 汪璐璐, 朱旺, 耿孝宇, 张翔, 孟天瑶, 陈英龙, 高平磊, 许轲, 霍中洋, 戴其根. 盐、干旱及其复合胁迫对水稻产量和品质形成影响的研究进展[J]. 中国水稻科学, 2024, 38(4): 350-363.
[3]	许丹洁, 林巧霞, 李正康, 庄小倩, 凌宇, 赖美玲, 陈晓婷, 鲁国东. OsOPR10正调控水稻对稻瘟病和白叶枯病的抗性[J]. 中国水稻科学, 2024, 38(4): 364-374.
[4]	伏荣桃, 陈诚, 王剑, 赵黎宇, 陈雪娟, 卢代华. 转录组和代谢组联合分析揭示稻曲病菌的致病因子[J]. 中国水稻科学, 2024, 38(4): 375-385.
[5]	陈明亮, 曾细华, 沈雨民, 罗世友, 胡兰香, 熊文涛, 熊焕金, 吴小燕, 肖叶青. 籼粳亚种间育性位点分型及籼粳杂交稻育性位点模式研究[J]. 中国水稻科学, 2024, 38(4): 386-396.
[6]	丁正权, 潘月云, 施扬, 黄海祥. 基于基因芯片的嘉禾系列长粒优质食味粳稻综合评价与比较[J]. 中国水稻科学, 2024, 38(4): 397-408.
[7]	候小琴, 王莹, 余贝, 符卫蒙, 奉保华, 沈煜潮, 谢杭军, 王焕然, 许用强, 武志海, 王建军, 陶龙兴, 符冠富. 黄腐酸钾提高水稻秧苗耐盐性的作用途径分析[J]. 中国水稻科学, 2024, 38(4): 409-421.
[8]	吕宙, 易秉怀, 陈平平, 周文新, 唐文帮, 易镇邪. 施氮量与移栽密度对小粒型杂交水稻产量形成的影响[J]. 中国水稻科学, 2024, 38(4): 422-436.
[9]	胡继杰, 胡志华, 张均华, 曹小闯, 金千瑜, 章志远, 朱练峰. 根际饱和溶解氧对水稻分蘖期光合及生长特性的影响[J]. 中国水稻科学, 2024, 38(4): 437-446.
[10]	吴玥, 梁铖玮, 赵辰妃, 孙健, 马殿荣. 直播稻田杂草稻灾害发生及生态型的演变特征[J]. 中国水稻科学, 2024, 38(4): 447-455.
[11]	刘福祥, 甄浩洋, 彭焕, 郑刘春, 彭德良, 文艳华. 广东省水稻孢囊线虫病调查与鉴定[J]. 中国水稻科学, 2024, 38(4): 456-461.
[12]	陈浩田, 秦缘, 钟笑涵, 林晨语, 秦竞航, 杨建昌, 张伟杨. 水稻根系和土壤性状与稻田甲烷排放关系的研究进展[J]. 中国水稻科学, 2024, 38(3): 233-245.
[13]	缪军, 冉金晖, 徐梦彬, 卜柳冰, 王平, 梁国华, 周勇. 过量表达异三聚体G蛋白γ亚基基因RGG2提高水稻抗旱性[J]. 中国水稻科学, 2024, 38(3): 246-255.
[14]	尹潇潇, 张芷菡, 颜绣莲, 廖蓉, 杨思葭, 郭岱铭, 樊晶, 赵志学, 王文明. 多个稻曲病菌效应因子的信号肽验证和表达分析[J]. 中国水稻科学, 2024, 38(3): 256-265.
[15]	朱裕敬, 桂金鑫, 龚成云, 罗新阳, 石居斌, 张海清, 贺记外. 全基因组关联分析定位水稻分蘖角度QTL[J]. 中国水稻科学, 2024, 38(3): 266-276.